Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije

Izpis gradiva
A+ | A- | Pomoč | SLO | ENG

Naslov:AmiCa : atlas of miRNA-gene correlations in cancer
Avtorji:ID Hauptman, Nina (Avtor)
ID Pižem, Jože (Avtor)
ID Jevšinek Skok, Daša (Korespondenčni avtor)
Datoteke:URL URL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037024001740?via%3Dihub
 
.pdf PDF - Predstavitvena datoteka, prenos (9,33 MB)
MD5: AE7491A2462DDFF629573672749AB3AE
 
Jezik:Angleški jezik
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:Logo KIS - Kmetijski inštitut Slovenije
Povzetek:The increasing availability of RNA sequencing data has opened up numerous opportunities to analyze various RNA interactions, including microRNA-target interactions (MTIs). In response to the necessity for a specialized tool to study MTIs in cancer and normal tissues, we developed AmiCa (https://amica.omics.si/), a web server designed for comprehensive analysis of mature microRNA (miRNA) and gene expression in 32 cancer types. Data from 9498 tumor samples and 626 normal samples from The Cancer Genome Atlas were obtained through the Genomic Data Commons and used to calculate differential expression and miRNA-target gene (MTI) correlations. AmiCa provides data on differential expression of miRNAs/genes for cancers for which normal tissue samples were available. In addition, the server calculates and presents correlations separately for tumor and normal samples for cancers for which normal samples are available. Furthermore, it enables the exploration of miRNA/gene expression in all cancer types with different miRNA/gene expression. In addition, AmiCa includes a ranking system for genes and miRNAs that can be used to identify those that are particularly highly expressed in certain cancers compared to other cancers, facilitating targeted and cancer-specific research. Finally, the functionality of AmiCa is illustrated by two case studies.
Ključne besede:miRNA, gene, expression, cancer, correlation, gene prioritization
Status publikacije:Objavljeno
Verzija publikacije:Objavljena publikacija
Datum objave:21.05.2024
Leto izida:2024
Št. strani:str. 2277-2288
Številčenje:Vol. 23
PID:20.500.12556/DiRROS-21122 Novo okno
UDK:577.2
ISSN pri članku:2001-0370
DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.030 Novo okno
COBISS.SI-ID:198138371 Novo okno
Opomba:Nasl. z nasl. zaslona; Opis vira z dne 7. 6. 2024;
Datum objave v DiRROS:31.12.2024
Število ogledov:241
Število prenosov:117
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
:
HAUPTMAN, Nina in PIŽEM, Jože, 2024, AmiCa : atlas of miRNA-gene correlations in cancer. Computational and Structural Biotechnology Journal [na spletu]. 2024. Vol. 23, p. 2277–2288. [Dostopano 21 april 2025]. DOI 10.1016/j.csbj.2024.05.030. Pridobljeno s: https://dirros.openscience.si/IzpisGradiva.php?lang=slv&id=21122
Kopiraj citat
  
Objavi na:Bookmark and Share



Podobna dela iz ostalih repozitorijev:

Ni podobnih del

Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Gradivo je del revije

Naslov:Computational and Structural Biotechnology Journal
Založnik:Chalmers University of Technology
ISSN:2001-0370
COBISS.SI-ID:5068826 Novo okno

Gradivo je financirano iz projekta

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P3-0054
Naslov:Patologija in molekularna genetika
Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P4-0133
Naslov:Trajnostno kmetijstvo
Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J3-3070
Naslov:Določanje izvora jetrnih zasevkov iz tekočinskih biopsij
Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J3-2524
Naslov:Minimalno invazivni diagnostični pristopi pri možganskih tumorjih z uporabo prosto cirkulirajočih nukleinskih kislin

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:miRNA, gen, izražanje, rak (medicina), korelacija, prednostno določanje genov


Nazaj