Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije

Izpis gradiva
A+ | A- | Pomoč | SLO | ENG

Naslov:SegMine workflows for semantic microarray data analysis in Orange4WS
Avtorji:ID Podpečan, Vid (Avtor)
ID Lavrač, Nada (Avtor)
ID Mozetič, Igor (Avtor)
ID Kralj Novak, Petra (Avtor)
ID Trajkovski, Igor (Avtor)
ID Langohr, Laura (Avtor)
ID Kulovesi, Kimmo (Avtor)
ID Toivonen, Hannu (Avtor)
ID Petek, Marko (Avtor)
ID Motaln, Helena (Avtor)
ID Gruden, Kristina (Avtor)
Datoteke:.pdf PDF - Predstavitvena datoteka, prenos (3,09 MB)
MD5: 1B38989383A996814B87F82BE365B05C
 
URL URL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-416
 
Jezik:Angleški jezik
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:Logo NIB - Nacionalni inštitut za biologijo
Povzetek:Background In experimental data analysis, bioinformatics researchers increasingly rely on tools that enable the composition and reuse of scientific workflows. The utility of current bioinformatics workflow environments can be significantly increased by offering advanced data mining services as workflow components. Such services can support, for instance, knowledge discovery from diverse distributed data and knowledge sources (such as GO, KEGG, PubMed, and experimental databases). Specifically, cutting-edge data analysis approaches, such as semantic data mining, link discovery, and visualization, have not yet been made available to researchers investigating complex biological datasets. Results We present a new methodology, SegMine, for semantic analysis of microarray data by exploiting general biological knowledge, and a new workflow environment, Orange4WS, with integrated support for web services in which the SegMine methodology is implemented. The SegMine methodology consists of two main steps. First, the semantic subgroup discovery algorithm is used to construct elaborate rules that identify enriched gene sets. Then, a link discovery service is used for the creation and visualization of new biological hypotheses. The utility of SegMine, implemented as a set of workflows in Orange4WS, is demonstrated in two microarray data analysis applications. In the analysis of senescence in human stem cells, the use of SegMine resulted in three novel research hypotheses that could improve understanding of the underlying mechanisms of senescence and identification of candidate marker genes. Conclusions Compared to the available data analysis systems, SegMine offers improved hypothesis generation and data interpretation for bioinformatics in an easy-to-use integrated workflow environment.
Status publikacije:Objavljeno
Verzija publikacije:Objavljena publikacija
Datum objave:26.10.2011
Leto izida:2011
Št. strani:str. 416-1-416-16
Številčenje:Vol. 12, no. 416
PID:20.500.12556/DiRROS-20051 Novo okno
UDK:004.8
ISSN pri članku:1471-2105
DOI:10.1186/1471-2105-12-416 Novo okno
COBISS.SI-ID:25208871 Novo okno
Datum objave v DiRROS:05.08.2024
Število ogledov:553
Število prenosov:288
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
:
PODPEČAN, Vid, LAVRAČ, Nada, MOZETIČ, Igor, KRALJ NOVAK, Petra, TRAJKOVSKI, Igor, LANGOHR, Laura, KULOVESI, Kimmo, TOIVONEN, Hannu, PETEK, Marko, MOTALN, Helena in GRUDEN, Kristina, 2011, SegMine workflows for semantic microarray data analysis in Orange4WS. BMC bioinformatics [na spletu]. 2011. Vol. 12, no. 416, p. 416-1-416–16. [Dostopano 6 april 2025]. DOI 10.1186/1471-2105-12-416. Pridobljeno s: https://dirros.openscience.si/IzpisGradiva.php?lang=slv&id=20051
Kopiraj citat
  
Objavi na:Bookmark and Share


Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Gradivo je del revije

Naslov:BMC bioinformatics
Založnik:BioMed Central
ISSN:1471-2105
COBISS.SI-ID:2433556 Novo okno

Gradivo je financirano iz projekta

Financer:EC - European Commission
Številka projekta:211898
Naslov:Bisociation Networks for Creative Information Discovery
Akronim:BISON
Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P2-0103-2009
Naslov:Tehnologije znanja
Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J4-2228-2009
Naslov:Pristopi sistemske biologije za analizo interakcije med rastlino in patogenom
Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P4-0165-2009
Naslov:Biotehnologija in sistemska biologija rastlin
Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:4302-38-2006-4
Financer:AKA - Academy of Finland
Naslov:Algorithmic Data Analysis Centre of Excellence
Akronim:Algodan

Licence

Licenca:CC BY 2.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 2.0 Generična
Povezava:https://creativecommons.org/licenses/by/2.0/deed.sl
Opis:Dovoljuje kopiranje in razširjanje vsebin v kakršnemkoli mediju in obliki. Dovoljuje remixanje, urejanje, predelava in vključevanje vsebine v lastna dela v vse namene, tudi komercialne. Primerno morate navesti avtorja, povezavo do licence in označiti spremembe, če so kakšne nastale. To lahko storite na kakršenkoli razumen način, vendar ne na način, ki bi namigoval na to, da dajalec licence podpira vas ali vašo uporabo dela. Ne smete uporabiti pravnih določil ali tehničnih ukrepov, ki bi pravno omejili ali onemogočilo druge, da bi storili karkoli, kar licenca dovoli.

Nazaj