Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije

Izpis gradiva
A+ | A- | Pomoč | SLO | ENG

Naslov:Stress knowledge map : a knowledge graph resource for systems biology analysis of plant stress responses
Avtorji:ID Bleker, Carissa (Avtor)
ID Ramšak, Živa (Avtor)
ID Bittner, Andras (Avtor)
ID Podpečan, Vid (Avtor)
ID Zagorščak, Maja (Avtor)
ID Wurzinger, Bernhard (Avtor)
ID Baebler, Špela (Avtor)
ID Petek, Marko (Avtor)
ID Križnik, Maja (Avtor)
ID Županič, Anže (Avtor)
ID Gruden, Kristina (Avtor)
Datoteke:URL URL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://skm.nib.si
 
URL URL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.100920
 
.pdf PDF - Predstavitvena datoteka, prenos (1,35 MB)
MD5: E411194F1EC267F27BE12CD3DB83A435
 
Jezik:Angleški jezik
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:Logo NIB - Nacionalni inštitut za biologijo
Povzetek:Stress Knowledge Map (SKM; https://skm.nib.si) is a publicly available resource containing two complementary knowledge graphs that describe the current knowledge of biochemical, signaling, and regulatory molecular interactions in plants: a highly curated model of plant stress signaling (PSS; 543 reactions) and a large comprehensive knowledge network (488 390 interactions). Both were constructed by domain experts through systematic curation of diverse literature and database resources. SKM provides a single entry point for investigations of plant stress response and related growth trade-offs, as well as interactive explorations of current knowledge. PSS is also formulated as a qualitative and quantitative model for systems biology and thus represents a starting point for a plant digital twin. Here, we describe the features of SKM and show, through two case studies, how it can be used for complex analyses, including systematic hypothesis generation and design of validation experiments, or to gain new insights into experimental observations in plant biology.
Ključne besede:Stress knowledge map, knowledge graph, knowledge network, entry point, plant digital twin, plant stress responses, plant signaling, systems biology
Status publikacije:Objavljeno
Verzija publikacije:Objavljena publikacija
Datum objave:10.06.2024
Leto izida:2024
Št. strani:str. 1-15
Številčenje:iss. 6, [art. no.] ǂ100920
PID:20.500.12556/DiRROS-19098 Novo okno
UDK:577.2
ISSN pri članku:2590-3462
DOI:10.1016/j.xplc.2024.100920 Novo okno
COBISS.SI-ID:198383363 Novo okno
Opomba:Soavtorji: Živa Ramšak, Andras Bittner, Vid Podpečan, Maja Zagorščak, Bernhard Wurzinger, Špela Baebler, Marko Petek, Maja Križnik, Annelotte van Dieren, Juliane Gruber, Leila Afjehi-Sadat, Wolfram Weckwerth, Anže Županič, Markus Teige, Ute C. Vothknecht and Kristina Gruden; Nasl. z nasl. zaslona; Opis vira z dne 11. 6. 2024;
Datum objave v DiRROS:11.06.2024
Število ogledov:62
Število prenosov:40
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
  
Objavi na:Bookmark and Share


Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Gradivo je del revije

Naslov:Plant communications
Založnik:Cell Press
ISSN:2590-3462
COBISS.SI-ID:18914051 Novo okno

Gradivo je financirano iz projekta

Financer:EC - European Commission
Program financ.:H2020
Številka projekta:862858
Naslov:Accelerated Development of multiple-stress tolerAnt PoTato
Akronim:ADAPT

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:Z7-1888-2019
Naslov:Odkrivanje strukturnih in dinamičnih lastnosti mehanizmov rastlinskega odgovora z uporabo pristopov sistemske biologije

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J4-1777-2019
Naslov:Odkrivanje mehanizmov učinkovitosti in specifičnosti imunske signalizacije v krompirju z inovativnim pridobivanjem podatkov in modeliranjem

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P4-0165-2022
Naslov:Biotehnologija in sistemska biologija rastlin

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:N4-0199-2021
Naslov:Vzpostavitev metodologij za študij imunosti krompirja na nivoju posameznih celic

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:Z4-50146-2023
Naslov:Translacijska genomika in dinamično modeliranje za razumevanje odziva rastlin na stres

Financer:EC - European Commission
Program financ.:H2020
Številka projekta:871075
Naslov:Connect and align ELIXIR Nodes to deliver sustainable FAIR life-science data management services
Akronim:ELIXIR-CONVERGE

Licence

Licenca:CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
Opis:To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:SKM, graf znanja, mreža znanja, vstopna točka, digitalni dvojček rastline, odzivi rastlin na stres, signalizacija rastlin, sistemska biologija


Nazaj