Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije

Izpis gradiva
A+ | A- | Pomoč | SLO | ENG

Naslov:The influence of storage conditions and DNA extraction protocol on the results of molecular analysis of the European spruce bark beetle (Ips typographus L.)
Avtorji:ID Devetak, Zina (Avtor)
ID Kavčič, Andreja (Avtor)
ID De Groot, Maarten (Avtor)
ID Piškur, Barbara (Avtor)
Datoteke:URL URL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://doi.org/10.20315/ASetL.132.3
 
.pdf PDF - Predstavitvena datoteka, prenos (1,17 MB)
MD5: 4EBCAA87DBDD1FC548C5FED00E88F063
 
Jezik:Angleški jezik
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:Logo SciVie - Gozdarski inštitut Slovenije
Povzetek:One of the key steps of the molecular identification of bark beetles is obtaining a sufficient quantity of high-quality DNA extract. In this study, we investigated the influence of different storage procedures for Ips typographus (L.) specimens and various DNA extraction protocols on the quantity and quality of DNA intended for use in molecular diagnostics. Adult beetles were frozen at -20 °C, either dry or in ethanol. We tested four different protocols for DNA extraction. We compared the quantity of extracted DNA and assessed its quality with PCR and Sanger sequencing. Different storage protocols had no significant effect on the quantity of DNA extracted. However, freezing specimens in ethanol provided higher-quality DNA for molecular applications. Only two of the extraction protocols produced sequenceable amplicons, and the difference in the amount of extracted DNA between them was not significant. We propose the optimal combination of storing specimens in ethanol at -20°C and using the Nucleospin Insect DNA extraction kit from Macherey Nagel, enabling a timeefficient identification process.
Ključne besede:early detection, specimen storage, total DNA extraction, PCR, polymerase chain reaction, Sanger sequencing, molecular diagnostics
Verzija publikacije:Objavljena publikacija
Datum objave:01.01.2023
Leto izida:2023
Št. strani:str. 29-38
Številčenje:Vol. 132
PID:20.500.12556/DiRROS-18084-753714a3-81a7-cc37-5a95-de9e0459aa34 Novo okno
UDK:630*14:630*13(045)=111
ISSN pri članku:2335-3112
DOI:10.20315/ASetL.132.3 Novo okno
COBISS.SI-ID:180304131 Novo okno
Datum objave v DiRROS:02.02.2024
Število ogledov:1119
Število prenosov:439
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
  
Objavi na:Bookmark and Share


Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Gradivo je del revije

Naslov:Acta Silvae et Ligni
Založnik:Gozdarski inštitut Slovenije, založba Silva Slovenica, Biotehniška fakulteta, Oddelek za gozdarstvo in obnovljive gozdne vire, Biotehniška fakulteta, Oddelek za lesarstvo
ISSN:2335-3112
COBISS.SI-ID:266761216 Novo okno

Gradivo je financirano iz projekta

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P4-0107-2020
Naslov:Gozdna biologija, ekologija in tehnologija

Financer:Drugi - Drug financer ali več financerjev
Program financ.:Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano
Številka projekta:JGS
Naslov:Javna gozdarska služba
Akronim:JGS

Licence

Licenca:CC BY-SA 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.sl
Opis:Ta licenca Creative Commons je zelo podobna običajni licenci Priznanje avtorstva, vendar zahteva, da so materialne avtorske pravice na izpeljanih delih upravljane z enako licenco.

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Naslov:Vpliv postopkov shranjevanja in ekstrakcije celokupne DNA na rezultate molekularne analize osmerozobega smrekovega lubadarja (Ips typographus L.)
Povzetek:Za uspeh molekularne identifikacije podlubnikov je ključna zadostna količina kakovostnega ekstrakta DNA. Pri raziskavi vrste smo se osredotočili na vpliv različnih postopkov shranjevanja osebkov Ips typographus(L.) in različnih protokolov ekstrakcije DNA na količino in kakovost DNA, namenjene za uporabo v molekularni diagnostiki. Odrasle hrošče smo zamrznili pri -20 °C na dva načina, v etanolu in na suho. Ekstrakcije smo opravili po štirih različnih postopkih. Primerjali smo količino pridobljene DNA. Kakovost ekstrahirane DNA smo ocenili s polimerazno verižno reakcijo in sekvenciranjem po Sangerju. Način shranjevanja ni statistično značilno vplival na količino pridobljene DNA. DNA višje kakovosti smo pridobili iz hroščev, ki so bili zamrznjeni v etanolu. Le dva postopka ekstrakcije DNA sta dala DNA, uporabno za sekvenciranje. V količini pridobljene DNA se pri sekvenciranju uspešna postopka nista pomembno razlikovala. Določili smo optimalno kombinacijo postopkov shranjevanja v etanolu pri -20 °C in ekstrakcije celokupne DNA z ekstrakcijskim kitom Nucleospin Insect DNA proizvajalca Macherey Nagel, ki omogoča časovno učinkovito identifikacijo.
Ključne besede:zgodnje zaznavanje, shranjevanje osebkov, ekstrakcijski postopek, polimerazna verižna reakcija, PCR, sekvenciranje po Sangerju, molekularna diagnostika


Zbirka

To gradivo je del naslednjih zbirk del:
  1. Acta Silvae et Ligni

Nazaj