1. Jellyfish modulate bacterial dynamic and community structureTinkara Tinta, Tjaša Kogovšek, Alenka Malej, Valentina Turk, 2012, izvirni znanstveni članek Povzetek: Jellyfish blooms have increased in coastal areas around the world and the outbreaks have become longer and more frequent over the past few decades. The Mediterranean Sea is among the heavily affected regions and the common bloom - forming taxa are scyphozoans Aurelia aurita s.l., Pelagia noctiluca, and Rhizostoma pulmo. Jellyfish have few natural predators, therefore their carcasses at the termination of a bloom represent an organic-rich substrate that supports rapid bacterial growth, and may have a large impact on the surrounding environment. The focus of this study was to explore whether jellyfish substrate have an impact on bacterial community phylotype selection. We conducted in situ jellyfish - enrichment experiment with three different jellyfish species. Bacterial dynamic together with nutrients were monitored to assess decaying jellyfish-bacteria dynamics. Our results show that jellyfish biomass is characterized by protein rich organic matter, which is highly bioavailable to ‘jellyfish - associated’ and ‘free - living’ bacteria, and triggers rapid shifts in bacterial population dynamics and composition. Based on 16S rRNA clone libraries and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis, we observed a rapid shift in community composition from unculturable Alphaproteobacteria to culturable species of Gammaproteobacteria and Flavobacteria. The results of sequence analyses of bacterial isolates and of total bacterial community determined by culture independent genetic analysis showed the dominance of the Pseudoalteromonadaceae and the Vibrionaceae families. Elevated levels of dissolved proteins, dissolved organic and inorganic nutrient release, bacterial abundance and carbon production as well as ammonium concentrations characterized the degradation process. The biochemical composition of jellyfish species may influence changes in the amount of accumulated dissolved organic and inorganic nutrients. Our results can contribute insights into possible changes in bacterial population dynamics and nutrient pathways following jellyfish blooms which have important implications for ecology of coastal waters.
Ključne besede: sea, medusae, research programmes, DGGE, Pelagia noctiluca, gel electrophoresis, oligotrophic waters, Adriatic Sea, jellyfish, gelatinous zooplankton, bacteria, flavobacteria
Objavljeno v DiRROS: 26.03.2025; Ogledov: 740; Prenosov: 573
 Celotno besedilo (1,46 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
2. Short-term changes in microbial communities in the water column around the fish farm in the Bay of PiranValentina Turk, Tinkara Tinta, 2021, izvirni znanstveni članek Povzetek: A multidisciplinary approach was used to study the impact of fish farming on coastal bacterial communities in the inner part of the Bay of Piran (northern Adriatic). Differences in bacterial abundance, production and the occurrence of selected bacterial groups were studied in the water column around the cage and at different distances from the centre of the fish cage towards the open water, i.e., reference marine station. We also examined the effect of fish feeding on the surrounding system in a short-term in situ experiment based on the simultaneous collection of seawater samples from different locations around the fish cage before and after feeding of fish. Our study suggests that fish feeding has a moderate short-term effect on water column parameters, including bacterial abundance and production, only at a limited distance from the fish cages. The nitrifying, ammonia-oxidizing bacterial groups, as determined by the fluorescent in situ hybridization method, were represented at a higher percentage in the seawater samples in the middle and around the fish cages. β- Proteobacteria, γ-Proteobacteria and the Cytophaga-Flavobacterium group were represented to a higher percentage at sampling sites in the middle of the Bay of Piran and at the reference marine station. The Vibrio group was detected at all sampling sites. The accumulation of organically enriched fish food and waste products released into the seawater during the short-term experiment resulted in a significant increase in particulate matter, orthophosphate and ammonium. In response to the increase in inorganic nutrients, we observed a significant increase in bacterial production, while no significant differences were observed in bacterial abundance in such short time.
Ključne besede: aquaculture, bacterial abundance, bacterial community composition, bacterial production, fluorescent in situ hybridisation, pollution
Objavljeno v DiRROS: 19.03.2025; Ogledov: 545; Prenosov: 546
Celotno besedilo (1,39 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
3. Program spremljanja kakovosti morja in vnosov onesnaženja s kopnega v skladu z Barcelonsko konvencijo : letno poročilo 2010Valentina Turk, Oliver Bajt, Patricija Mozetič, Mateja Poje, Andreja Ramšak, Milijan Šiško, Alenka Malej, končno poročilo o rezultatih raziskav Povzetek: Slovenija kot članica programa Združenih narodov za okolje (UNEP) in podpisnica Konvencije o varovanju Sredozemskega morja pred onesnaženjem (Barcelonska konvencija) aktivno sodeluje v programu Sredozemskega akcijskega načrta (MAP-Mediterranean Action Plan). Program Spremljanja stanja okolja (MED POL program) izvajamo s finančno pomočjo Ministrstva za okolje in prostor R Slovenije, Agencije RS za okolje. Poročilo vključuje rezultate mikrobioloških analiz kakovosti kopaliških vod, fizikalno-kemične in biološke analize morske vode za oceno stopnje evtrofikacije, rezultate policikličnih in aromatskih ogljikovodikov, kadmija in živega srebra v sedimentu in morskih organizmih (školjkah), oceno vnosa s kopenskih točkovnih virov onesnaženja v morje in rezultate analiz biomonitoringa za oceno bioloških posledic onesnaženja na morskih organizmih.
Ključne besede: varstvo narave, kakovost morja, kontrola kakovosti, morje, onesnaževanje, ekologija morja, biomonitoring, monitoring, evtrofikacijski monitoring, indeks trofičnosti, evtrofizacija, trofični indeks, Tržaški zaliv, Barcelonska konvencija, Jadransko morje
Objavljeno v DiRROS: 16.09.2024; Ogledov: 1719; Prenosov: 1000
Celotno besedilo (1,47 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
4. Spremljanje kakovosti morja in vnosov onesnaženja s kopnega v skladu z Barcelonsko konvencijo v letu 2011 : poročilo 2011Valentina Turk, Oliver Bajt, Janja Francé, Mateja Poje, Andreja Ramšak, Milijan Šiško, Alenka Malej, končno poročilo o rezultatih raziskav Povzetek: Slovenija kot članica programa Združenih narodov za okolje (UNEP) in podpisnica Konvencije o varovanju Sredozemskega morja pred onesnaženjem (Barcelonska konvencija) aktivno sodeluje v programu Sredozemskega akcijskega načrta (MAP-Mediterranean Action Plan). Izvajanje projekta Spremljanje kakovosti morja in vnosov s kopnega v skladu z Barcelonsko konvencijo je omogočilo Ministrstva za okolje in prostor R Slovenije, Agencije RS za okolje. Poročilo vključuje rezultate mikrobioloških analiz kakovosti kopaliških voda, fizikalno-kemične in biološke analize morske vode za oceno stopnje evtrofikacije, rezultate policikličnih in aromatskih ogljikovodikov, kadmija in živega srebra v sedimentu in morskih organizmih (školjkah), oceno vnosa s kopenskih točkovnih virov onesnaženja v morje in rezultate analiz biomonitoringa za oceno bioloških posledic onesnaženja na morskih organizmih.
Ključne besede: varstvo narave, kakovost morja, kontrola kakovosti, morje, onesnaževanje, ekologija morja, monitoring, TRIX, indeks trofičnosti, evtrofizacija, trofični indeks, Tržaški zaliv, Barcelonska konvencija, Jadransko morje
Objavljeno v DiRROS: 16.09.2024; Ogledov: 2082; Prenosov: 1173
Celotno besedilo (1,46 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
5. Določanje dobrega okoljskega stanja. Poročilo za člen 9 Okvirne direktive o morski strategiji : zaključno poročilo 2012Martina Orlando-Bonaca, Lovrenc Lipej, Alenka Malej, Janja Francé, Branko Čermelj, Oliver Bajt, Nives Kovač, Borut Mavrič, Valentina Turk, Patricija Mozetič, Andreja Ramšak, Tjaša Kogovšek, Milijan Šiško, Vesna Flander-Putrle, Mateja Grego, Tinkara Tinta, Boris Petelin, Martin Vodopivec, Maja Jeromel, Urška Martinčič, Vlado Malačič, končno poročilo o rezultatih raziskav Povzetek: Deskriptor 1: Biotska raznovrstnost se ohranja. Kakovost in prisotnost habitatov ter razporeditev in številčnost vrst so v skladu s prevladujočimi fiziografskimi, geografskimi in podnebnimi pogoji.
»Presojo je treba opraviti na več ekoloških ravneh: na ravni ekosistemov, habitatov (vključno z njimi povezanimi združbami na nivoju biotopov) in vrst, ki so upoštevane v strukturi tega dela ob upoštevanju točke 2 dela A. Za nekatere vidike tega deskriptorja je potrebna dodatna znanstvena in tehnična podpora. Pri obravnavi širšega obsega deskriptorja je treba ob upoštevanju Priloge III k Direktivi 2008/56/ES določiti prioritete med elementi biotske raznovrstnosti (vrste, habitati in ekosistemi). To omogoča prepoznavanje tistih elementov in območij, kjer vplivi in grožnje nastajajo, poleg tega pa podpira opredelitev ustreznih kazalcev med izbranimi merili, primernimi za zadevna območja in elemente biotske raznovrstnosti. Obveznost regionalnega sodelovanja iz členov 5 in 6 Direktive 2008/56/ES je neposredno povezana z izbiro elementov biotske raznovrstnosti znotraj regij, podregij in pododdelkov, kjer je mogoče, pa tudi z vzpostavitvijo referenčnih razmer v skladu s Prilogo IV k Direktivi 2008/56/ES. Modeliranje z uporabo platforme geografskega informacijskega sistema je lahko uporabna podlaga za določanje območja razširjenosti elementov biotske raznovrstnosti ter človekovih dejavnosti in pritiskov zaradi teh dejavnosti, ob upoštevanju, da se vse mogoče zajete napake ustrezno ocenijo in opišejo ob uporabi rezultatov. Ti podatki so pogoj za ekosistemsko upravljanje človekovih dejavnosti in za razvoj s tem povezanih prostorskih orodij.«
Ključne besede: morje, obalno morje, onesnaževanje morja, plankton, hranilne snovi, ekološki parametri, onesnažila, onesnaževalci, biocenoze, okvirna direktiva o morski strategiji, poročila, onesnaženost, kvaliteta okolja, morska strategija, deskriptorji
Objavljeno v DiRROS: 16.09.2024; Ogledov: 1607; Prenosov: 1007
Celotno besedilo (3,68 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
6. Strokovne podlage za implementacijo Okvirne direktive o morski strategiji (2008/56/ES) : zaključno poročilo 2013Martina Orlando-Bonaca, Oliver Bajt, Branko Čermelj, Damir Deželjin, Janja Francé, Tjaša Kogovšek, Nives Kovač, Lovrenc Lipej, Vlado Malačič, Alenka Malej, Borut Mavrič, Patricija Mozetič, Andreja Ramšak, Milijan Šiško, Tinkara Tinta, Valentina Turk, končno poročilo o rezultatih raziskav Povzetek: V obdobju od 1. septembra do 20. decembra 2013 smo na Morski biološki postaji Nacionalnega inštituta za biologijo zelo intenzivno delali na nalogah 1.4.3 (pisanje predloga programa spremljanja stanja za stalno presojo okoljskega stanja in razvoj potrebnih metodologij) in 1.4.7 (priprava podatkovne baze v skladu z zahtevami Evropske Komisije) projektne naloge za izdelavo strokovnih podlag za implementacijo Okvirne direktive o morski strategiji (2008/56/ES) v letu 2013. Z naročnikom smo sodelovali tudi pri nalogi 1.4.4 (priprava vsebin za sodelovanje z javnostmi). K sodelovanju pri nalogah 1.4.1 (sodelovanje pri nadaljnjem poročanju Evropski Komisiji), 1.4.2 (nadaljevanje kvantifikacije okoljskih ciljnih vrednosti), 1.4.5 (usklajevanje z državami regije in podregije), 1.4.6 (zagotovitev strokovne podpore Ministrstvu za kmetijstvo in okolje pri pripravi programov ukrepov), ki predstavljajo delo z naročnikom in drugimi inštitucijami, v tem obdobju nismo bili pozvani.
Ključne besede: morje, obalno morje, onesnaževanje morja, plankton, hranilne snovi, ekološki parametri, implementacije, strokovne podlage, onesnažila, onesnaževalci, biocenoze, okvirna direktiva o morski strategiji, Okvirna vodna direktiva, poročila, onesnaženost, kvaliteta okolja, deskriptorji
Objavljeno v DiRROS: 16.09.2024; Ogledov: 989; Prenosov: 872
Celotno besedilo (4,33 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
7. Kakovost obalnega morja v letu 2012 : poročilo za leto 2012Valentina Turk, Oliver Bajt, Janja Francé, Mateja Poje, Andreja Ramšak, Milijan Šiško, Alenka Malej, končno poročilo o rezultatih raziskav Povzetek: R Slovenija s programom »Spremljanje kakovosti morja v skladu z Barcelonsko konvencijo« sodeluje pri aktivnostih in izvajanju Protokola o varstvu Sredozemskega morja pred onesnaženjem s kopnega (UNEP /MED POL). Dolgoletni niz rezultatov kemičnih in bioloških parametrov programa MED POL omogoča sledenje sprememb v okolju in primerjavo kakovosti obalnega morja z ostalimi obalnimi vodami Jadranskega in Sredozemskega morja. Trenutno poteka četrta faza MED POL programa. Program poteka v sodelovanju Morske biološke postaje, Nacionalnega inštituta za biologijo, z različnimi inštituti odgovornimi za posamezne analize, izvajanje programa pa omogoča Agencija R Slovenije za vode. Letno poročilo vključuje rezultate mikrobioloških analiz kakovosti naravnih kopalnih voda, fizikalno-kemične in biološke analize morske vode za oceno stopnje evtrofikacije, rezultate analiz onesnaženja z alifatskimi in policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki, kadmijem in živim srebrom v sedimentu in morskih organizmih (školjkah), oceno vnosa s kopenskih točkovnih virov onesnaženja v morje in rezultate analiz biomonitoringa za oceno bioloških posledic onesnaženja na morskih organizmih.
Ključne besede: varstvo narave, kakovost morja, kontrola kakovosti, morje, onesnaževanje, ekologija morja, monitoring, TRIX, indeks trofičnosti, evtrofizacija, trofični indeks, Tržaški zaliv, težke kovine, Jadransko morje
Objavljeno v DiRROS: 16.09.2024; Ogledov: 1555; Prenosov: 1054
Celotno besedilo (1,42 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
8. The ocean sampling day consortiumAnna Kopf, Valentina Turk, Tinkara Tinta, 2015, drugi znanstveni članki Povzetek: Ocean Sampling Day was initiated by the EU-funded Micro B3 (Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics, Biotechnology) project to obtain a snapshot of the marine microbial biodiversity and function of the world’s oceans. It is a simultaneous global mega-sequencing campaign aiming to generate the largest standardized microbial data set in a single day. This will be achievable only through the coordinated efforts of an Ocean Sampling Day Consortium, supportive partnerships and networks between sites. This commentary outlines the establishment, function and aims of the Consortium and describes our vision for a sustainable study of marine microbial communities and their embedded functional traits.
Objavljeno v DiRROS: 07.08.2024; Ogledov: 871; Prenosov: 764
Celotno besedilo (430,12 KB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
9. Jellyfish-associated microbiome in the marine environment : exploring its biotechnological potentialTinkara Tinta, Tjaša Kogovšek, Katja Klun, Alenka Malej, Gerhard J. Herndl, Valentina Turk, 2019, pregledni znanstveni članek Povzetek: Despite accumulating evidence of the importance of the jellyfish-associated microbiome to jellyfish, its potential relevance to blue biotechnology has only recently been recognized. In this review, we emphasize the biotechnological potential of host–microorganism systems and focus on gelatinous zooplankton as a host for the microbiome with biotechnological potential. The basic characteristics of jellyfish-associated microbial communities, the mechanisms underlying the jellyfish-microbe relationship, and the role/function of the jellyfish-associated microbiome and its biotechnological potential are reviewed. It appears that the jellyfish-associated microbiome is discrete from the microbial community in the ambient seawater, exhibiting a certain degree of specialization with some preferences for specific jellyfish taxa and for specific jellyfish populations, life stages, and body parts. In addition, different sampling approaches and methodologies to study the phylogenetic diversity of the jellyfish-associated microbiome are described and discussed. Finally, some general conclusions are drawn from the existing literature and future research directions are highlighted on the jellyfish-associated microbiome.
Ključne besede: Cnidaria, Ctenophora, biodiversity, bioactive compounds, microbial communities, blue biotechnology
Objavljeno v DiRROS: 06.08.2024; Ogledov: 1078; Prenosov: 875
Celotno besedilo (860,11 KB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
10. The epiplankton community in the southern Adriatic: multiple trophic levels along the south - north and inshore-offshore gradientsValentina Turk, Davor Lučić, Jakica Njire, Senka Terzić, Tinkara Tinta, Adam Benović, Alenka Malej, 2012, izvirni znanstveni članek Povzetek: The epiplankton community was investigated during Meduza cruises along south - north and offshore – inshore transects in the middle and southern Adriatic in spring 2002. The diel and vertical distribution of heterotrophic bacteria, phytoplankton pigment composition, micro- and mesozooplankton were assessed. At most stations we observed a thermocline at approximately 20 m and a prominent chlorophyll a peak at about 70 m depth. The integrated phytoplankton and bacterial biomass were lower at the station in the central part of the southern Adriatic, and increased gradually towards middle Adriatic and towards coastal stations. Vertical profiles of both bacterial abundance and production showed a distinct peak in the surface layer. Bacterial abundance was high also in the layer of the deep chlorophyll a maximum. Higher bacterial production was associated with elevated abundance of pico- and nanoplankton feeding zooplankton indicating that bacterial populations were generally controlled by predation.
Ključne besede: Meduza project, heterotrophic bacteria, Adriatic Sea, South Adriatic Sea, phytoplankton pigments, open sea, microzooplankton, mesozooplankton, research cruises
Objavljeno v DiRROS: 05.08.2024; Ogledov: 1034; Prenosov: 535
Celotno besedilo (584,09 KB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
