1.
Uporaba naprednih tehnologij za celostno obvladovanje ogorčic koreninskih šišk (Meloidogyne spp., Nematoda: Meloidogynidae)Nik Susič, 2020, doctoral dissertation
Abstract: Tropske vrste ogorčic koreninskih šišk (RKN) so izredno polifagni škodljivci v kmetijstvu, kjer povzročajo velike izgube pridelka. Nekatere vrste, kot so Meloidogyne ethiopica, M. inornata in M. luci (MEG), je zaradi visoke sorodnosti težavno razlikovati. Sekvencirali smo 7 izolatov ogorčic iz skupine MEG ter po zlaganju zaporedij genomov določili filogenetsko umestitev v rod. Zloženi genom ogorčice M. luci SI-Smartno V13 je s 327 kontigi, N50 dolžini kontigov 1,7 Mb in končni dolžini zloženega zaporedja 209,2 Mb, trenutno najpopolnejši javno dostopen genom RKN. Filogenetska analiza je pokazala na umestitev vseh izolatov iz skupine MEG v enoten monofiletski klad, vrsta M. luci se je bistveno razlikovala od vrst M. ethiopica in M. inornata. Preizkušali smo uporabnost hiperspektralnega slikanja za zgodnje razločevanje biotskega stresa (napad RKN) od abiotskega stresa (suša) pri rastlinah paradižnika. Z analizo hiperspektralnih posnetkov v območju spektra 400-2500 nm je bilo mogoče razlikovati med dobro zalitimi ter sušnimi rastlinami s 100 % natančnostjo, z 90-100 % natančnostjo pa je bilo mogoče razlikovati med zdravimi in napadenimi rastlinami. Ovrednotili smo nematicidno aktivnost in analizirali genoma bakterij Bacillus firmus I-1582 in Bacillus sp. ZZV12-4809, v katerih smo našli številne potencialne dejavnike virulence. V lončnih poskusih in na mikroparcelah je sev I-1582 zmanjšal število ogorčic M. luci za 51-53 % v primerjavi s kontrolo. Bakterije I-1582 so delovale nematicidno ter spodbudile rast rastlin, kar smo pokazali z meritvami morfologije rastlin, relativne vsebnosti klorofila, vsebnostjo elementov in analizo hiperspektralnih posnetkov. Z analizo hiperspektralnih posnetkov z nadzorovano klasifikacijo smo uspešno razlikovali med rastlinami tretiranimi z B. firmus in rastlinami brez bakterij – v lončnem poskusu smo dosegli 97,4 % uspešnost, na mikroparcelah pa 96,3 %.
Keywords: ogorčice koreninskih šišk, filogenomika, hiperspektralno slikanje, biotično varstvo rastlin, Meloidogyne spp., Bacillus firmus, doktorske disertacije
Published in DiRROS: 06.09.2022; Views: 923; Downloads: 283
Link to full text