Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije

Izpis gradiva
A+ | A- | Pomoč | SLO | ENG

Naslov:Identification of triazolopyrimidinyl scaffold SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) inhibitor
Avtorji:ID Kralj, Sebastjan (Avtor)
ID Jukič, Marko (Avtor)
ID Bahun, Miha (Avtor)
ID Kranjc, Luka (Avtor)
ID Kolarič, Anja (Avtor)
ID Hodošček, Milan (Avtor)
ID Poklar Ulrih, Nataša (Avtor)
ID Bren, Urban (Avtor)
Datoteke:URL URL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=86901
 
.pdf PDF - Predstavitvena datoteka, prenos (6,86 MB)
MD5: CA3191C422FA5AF327E58194FCEA67DE
 
URL URL - Izvorni URL, za dostop obiščite https://doi.org/10.3390/pharmaceutics16020169
 
Jezik:Angleški jezik
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:Logo NIB - Nacionalni inštitut za biologijo
Povzetek:The global impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and its companion disease, COVID-19, has reminded us of the importance of basic coronaviral research. In this study, a comprehensive approach using molecular docking, in vitro assays, and molecular dynamics simulations was applied to identify potential inhibitors for SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro), a key and underexplored viral enzyme target. A focused protease inhibitor library was initially created and molecular docking was performed using CmDock software (v0.2.0), resulting in the selection of hit compounds for in vitro testing on the isolated enzyme. Among them, compound 372 exhibited promising inhibitory properties against PLpro, with an IC50 value of 82 ± 34 μM. The compound also displayed a new triazolopyrimidinyl scaffold not yet represented within protease inhibitors. Molecular dynamics simulations demonstrated the favorable binding properties of compound 372. Structural analysis highlighted its key interactions with PLpro, and we stress its potential for further optimization. Moreover, besides compound 372 as a candidate for PLpro inhibitor development, this study elaborates on the PLpro binding site dynamics and provides a valuable contribution for further efforts in pan-coronaviral PLpro inhibitor development.
Ključne besede:drug design, protease inhibitor, SARS-CoV-2, papain-like protease, PLpro, antiviral design, in silico drug design, CADD, virtual screening, HTVS, structure-based design
Status publikacije:Objavljeno
Verzija publikacije:Objavljena publikacija
Datum objave:25.01.2024
Leto izida:2024
Št. strani:13 str.
Številčenje:Vol. 16, issue 2, [article no.] 169
PID:20.500.12556/DiRROS-20177 Novo okno
UDK:60:543.2/.9
ISSN pri članku:1999-4923
DOI:10.3390/pharmaceutics16020169 Novo okno
COBISS.SI-ID:182627331 Novo okno
Opomba:Nasl. z nasl. zaslona; Soavtorji: Marko Jukič, Miha Bahun, Luka Kranjc, Anja Kolarič, Milan Hodošček, Nataša Poklar Ulrih, Urban Bren; Opis vira z dne 26. 1. 2024;
Datum objave v DiRROS:07.08.2024
Število ogledov:352
Število prenosov:267
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
  
Objavi na:Bookmark and Share


Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Gradivo je del revije

Naslov:Pharmaceutics
Skrajšan naslov:Pharmaceutics
Založnik:MDPI
ISSN:1999-4923
COBISS.SI-ID:517949977 Novo okno

Gradivo je financirano iz projekta

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P2-0046-2019
Naslov:Separacijski procesi in produktna tehnika

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P1-0403-2019
Naslov:Računsko intenzivni kompleksni sistemi

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:L2-3175-2021
Naslov:Napredna ekstrakcija in formulacija funkcionalnih taninskih prahranskih dopolnil z blagodejnimi zdravstvenimi učinki

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J1-2471-2020
Naslov:Kemijska karcinogeneza: Mehanistični vpogled

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P2-0438-2022
Naslov:Optični kemijski/bio senzorski sistemi (OPTISENS)

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J4-4633-2023
Naslov:Razumevanje mehanizmov in preprečevanje agregacije biofarmacevtskih proteinov

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J1-4398-2022
Naslov:Kemijska karcinogeneza in nevrodegeneracija: Molekularni mehanizem vpliva mikrovalovnega sevanja

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:L2-4430-2022
Naslov:Proizvodnja, izolacija in formulacija zdravju koristnih substanc iz Helichrysum Italicum za uporabo v kozmetični industriji

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J3-4498-2022
Naslov:Multi-omska raziskava signalne poti NFkB pri multipli sklerozi

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J7-4638-2022
Naslov:Načrtovanje selektivnih katalitskih postopkov pretvorbe CO2 v etanol – UliSess

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J1-4414-2022
Naslov:ProBiS-Fold pristop za določanje vezavnih mest za celoten strukturni človeški proteom pri odkrivanju zdravil

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:I0-E015-2024
Naslov:Izvajanje mednarodnega infrastrukturnega projekta BBMRI

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J1-50034-2023
Naslov:Knjižnica korelacij med vezavnimi vzorci opioidov in njihovimi neželenimi stranskimi učinki

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J3-4497-2022
Naslov:Neinvazivni multi-omski biooznačevalci v podtipih imunskih celic za personalizirano zdravljenje otroške astme in molekularni mehanizmi neodzivnosti na inhalacijske kortikosteroide

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:P4-0121-2018
Naslov:Biokemijska in biofizikalno-kemijska karakterizacija naravnih snovi

Financer:ARIS - Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije
Številka projekta:J7-50043-2023
Naslov:Mutacijska platforma koronavirusnih terapevtskih tarč za študij vpliva mutacij na učinkovitost in izbiro zdravil ter načrtovanje novih pan-koronavirusnih zaviralcev

Licence

Licenca:CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
Opis:To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:zdravila, inhibitorji proteaze, proteaza


Nazaj