51. DendroTools : R package for studying linear and nonlinear responses between tree-rings and daily environmental dataJernej Jevšenak, Tom Levanič, izvirni znanstveni članek Povzetek: We introduce in this paper the dendroTools R package for studying the statistical relationships between tree-ring parameters and daily environmental data. The core function of the package is daily_response(), which works by sliding a moving window through daily environmental data and calculating statistical metrics with one or more tree ring proxies. Possible metrics are correlation coefficient, coefficient of determination and adjusted coeffi- cient of determination. In addition to linear regression, it is possible to use a nonlinear artificial neural network with the Bayesian regularization training algorithm (brnn). dendroTools provides the opportunity to use daily climate data and robust nonlinear functions for the analysis of climate-growth relationships. Models should thus be better adapted to the real (continuous) growth of trees and should gain in predictive capabilities. The dendroTools R package is freely available in the CRAN repository. The functionality of the package is demonstrated on two examples, one using a mean vessel area (MVA) chronology and one a traditional tree-ring width (TRW).
Ključne besede: dendroclimatology, daily climate data, running window, nonlinear modelling, tree-ring proxies, climate reconstruction
Objavljeno v DiRROS: 16.04.2018; Ogledov: 3095; Prenosov: 1950
 Celotno besedilo (1,19 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
52. Uporaba metod strojnega učenja za preučevanje odnosov med značilnostmi branik in okoljemJernej Jevšenak, Sašo Džeroski, Tom Levanič, 2017, izvirni znanstveni članek Povzetek: Različne študije so pokazale, da lahko z nelinearnimi metodami bolje opišemo (modeliramo) odnos med branikami in okoljem. V naši študiji smo primerjali (multiplo) linearno regresijo (MLR) in štiri nelinearne metode strojnega učenja: modelna drevesa (MT), ansambel bagging modelnih dreves (BMT), umetne nevronske mreže (ANN) in metodo naključnih gozdov (RF). Za primerjavo teh metod modeliranja smo uporabili štiri množice podatkov. Natančnost naučenih modelov smo ocenili z metodo 10-kratnega prečnega preverjanja (ang. 10-fold cross-validation) na naši množici in preverjanjem na dodatni testni množici. Na vseh množicah smo dobili boljše statistične kazalce za nelinearne metode s področja strojnega učenja, s katerimi lahko pojasnimo večji delež variance oz. dobimo manjšo napako. Nobena metoda se ni pokazala kot najboljša v vseh primerih, zato je smiselno predhodno primerjati več različnih metod in nato uporabiti najprimernejšo, npr. za rekonstrukcijo klime.
Ključne besede: strojno učenje, primerjava metod, dendroklimatologija, umetne nevronske mreže, modelna drevesa, ansambel modelnih dreves, naključni gozdovi, linearna regresija
Objavljeno v DiRROS: 21.02.2018; Ogledov: 5512; Prenosov: 3368
Celotno besedilo (1,18 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
53. Poročilo o spremljanju stanja gozdov za leto 2016 : vsebinsko poročilo o spremljanju stanja gozdov v l. 2016 v skladu s Pravilnikom o varstvu gozdov (2009)Mitja Ferlan, Andrej Grah, Jernej Jevšenak, Tom Levanič, Nikica Ogris, Špela Planinšek, Matej Rupel, Primož Simončič, Iztok Sinjur, Mitja Skudnik, Saša Vochl, Daniel Žlindra, Jure Žlogar, 2017, končno poročilo o rezultatih raziskav Ključne besede: varstvo gozdov, monitoring, meteorologija, letni prirastek, poročila
Objavljeno v DiRROS: 03.10.2017; Ogledov: 3314; Prenosov: 1113
Celotno besedilo (8,54 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
54. |
55. Odvisnost velikosti prevodnih elementov doba (Quercus robur L.) od temperatur na dveh rastiščih Querco-Carpinetum v SlovenijiJernej Jevšenak, Tom Levanič, 2015, izvirni znanstveni članek Povzetek: Namen študije je analizirati odnos med povprečnimi mesečnimi temperaturami in dimenzijami trahej dveh zdravih in ene propadajoče skupine dobov z dveh rastišč Querco-Carpinetum v Sloveniji. Kronologije povprečnih površin trahej in vsot površin trahej smo izdelali po predhodni skrbni pripravi površin vzorcev in analizi slik z makrom EWVA v programu ImageJ. Skupina propadajočih dreves s Cigonce je imela največje povprečne površine trahej in največjo površino prevodnega tkiva, kar povezujemo s propadanjem te skupine. Analiza časovne stabilnosti korelacijskih koeficientov je za propadajoča drevesa pojasnila negativne korelacijske koeficiente, ki niso bili stabilni v času. Vse skupine so se najbolj značilno odzivale na povprečne aprilske temperature. Pri vseh skupinah je bil klimatski signal najmočnejši v parametru povprečna površina trahej. Pri zdravih drevesih iz Mlač v primeru nadaljevanja trenda dvigovanja povprečnih temperatur pričakujemo večje povprečne površine trahej v prihodnjih desetletjih, ki so bolj izpostavljene problemu kavitacije. Padec podtalnice leta 1982 na Cigonci se časovno ujema s pričetkom padanja klimatskega signala v trahejah ranega lesa.
Ključne besede: dendroekologija, propadanje hrastov, anatomija lesa, okoljski signal, Quercus robur, traheje ranega lesa
Objavljeno v DiRROS: 12.07.2017; Ogledov: 4897; Prenosov: 2331
Celotno besedilo (803,25 KB) |
56. Makro EWVA - učinkovito orodje za analizo prevodnih elementov ranega lesa venčastoporoznih listavcevJernej Jevšenak, Tom Levanič, 2014, izvirni znanstveni članek Povzetek: V članku je predstavljena uporabnost programa ImageJ v lesni anatomiji. Njegova glavna prednost sta prosta dostopnost ter možnost vključevanja dodatnih vtičnikov in makrov. Program ImageJ smo uporabili kot platformo za razvoj makra EWVA za avtomatizirano prepoznavanje ranega lesa ter hitro in učinkovito analizo trahej venčastoporoznih listavcev. Uporabnost makra EWVA predstavljamo na primeru dveh dobov iz sestoja v Mlačah. V zaključku razpravljamo o prednostih in slabostih uporabljene metode.
Ključne besede: lesna anatomija, Quercus robur, traheje ranega lesa, prevodni elementi, ImageJ, makro, EWVA, Slovenija
Objavljeno v DiRROS: 12.07.2017; Ogledov: 4721; Prenosov: 2236
Celotno besedilo (1,40 MB) |
57. |
58. Multiple tree-ring parameters from Pinus nigra (Arnold) and their climate signalSimon Poljanšek, Tom Levanič, 2012, izvirni znanstveni članek Povzetek: The first exploration of climate signal in tree-rings of Black pine (P. nigra Arnold), using minimum blue intensity method, is presented. Sampled trees were growing on site Kojnik (Slovenia). For resin extraction and scanning, 5 mm thick cores were prepared. Whole tree-ring widths were measured, as well as the width and density of early- and latewood. To remove age trend and influence of non-climatic factors, raw measurements were standardized using spline function. In density measurements, highly significant correlation values were calculated between May-June summed precipitation and earlywood density (r = 0.64, p<0.001), while maximum latewood density correlates the best with mean June-August temperature (r = 0.42, p<0.01). In width measurements, the highest correlation was calculated between tree-ring width and mean June-August temperature (r = -0.62, p<0.001).
Objavljeno v DiRROS: 12.07.2017; Ogledov: 4476; Prenosov: 2309
Celotno besedilo (951,14 KB) |
59. Metoda preučevanja sledi iglic terminalnega poganjkaSimon Poljanšek, Primož Oven, Risto Jalkanen, Tom Levanič, 2011, pregledni znanstveni članek Povzetek: Metoda preučevanja sledi iglic terminalnega poganjka, ali krajše metoda sledi iglic (ang.: needle trace method), retrospektivno beleži starost iglice v trenutku, ko odpade, ter preučuje vpliv okoljskih in biotskih dejavnikov na številne izpeljane podatke, ki temeljijo na ugotovljeni življenjski dobi iglice. Z izvedbo metode pridobimo podatke o dolžini višinskih prirastkov ter številu sledi iglic v posameznih branikah vseh višinskih prirastkov. Z izračunanimi kazalniki je mogoče oceniti fizično stanje krošnje preučevanega drevesa. Metoda je bila razvita na Finskem na rdečem boru (Pinus sylvestris L.), kmalu pa uporabljena tudi na drugih iglavcih. Uporablja se na področju dendrokronologije, gozdne ekologije, patologije in entomologije. V članku avtorji predstavljajo osnovno morfologijo sledi iglic, osnovno idejo metode in njeno uporabnost v okoljskih študijah ter izpeljane kazalnike, kot so relativno število sledi iglic ter zadrževanje, izguba, odmet, starost, dolgoživost, gostota, letni prirast števila in zaloga iglic.
Ključne besede: iglavci, iglice, rdeči bor, Pinus spp., listni aparat, kazalniki, okolje, onesnaževanje, defioliacija
Objavljeno v DiRROS: 12.07.2017; Ogledov: 4802; Prenosov: 2132
Celotno besedilo (1,05 MB) |
60. Primerjava programov za standardizacijo časovnih vrst v dendrokronologijiSimon Poljanšek, Špela Jagodic, Tom Levanič, 2010, izvirni znanstveni članek Povzetek: Za standardizacijo zaporedij širin branik je v uporabi več programov, mi smo primerjali dva - najbolj razširjeni in znani program ARSTAN in pred kratkim predstavljeno knjižnico za standardizacijo dendrokronoloških podatkov dplR, narejeno za statistični program R. Oba programa sta brezplačna, ARSTAN je namenski program za standardizacijo zaporedij širin branik, medtem ko je program R, v okviru katerega deluje knjižnica dplR, namenjen tudi drugim analizam in prikazom podatkov. Uporabili smo različne teste in preverili, ali so med kronologijami širin branik, kakor jih izračunata ARSTAN in dplR, statistično značilne razlike in ali so standardizirane kronologije, narejene s knjižnico dplR, enako uporabne za preučevanje ekoloških in klimatoloških vprašanj, kot so kronologije, narejene s programom ARSTAN. ARSTAN za izračun kronologije ponudi uporabniku listo ukazov, medtem ko dplR zahteva pisne ukaze in ne ponuja izbire. Pri primerjavi rezultatov smo ugotovili, da razlike med izračuni primerjanih programov niso statistično značilne - programa pri osnovnih statističnih parametrih ponudita enake rezultate za povprečne širine branik in standardne odklone ter z razliko na drugem decimalnem mestu za rezultate občutljivosti in avtokorelacijskega koeficienta. Korelacija med standardiziranima kronologijama znaša 0,9773, med kronologijama ostankov pa 0,9776, grafično so razlike prav tako maloštevilne in majhne. Ker se programa razlikujeta le po delovnem okolju, je odločitev o izbiri programa prepuščena uporabniku.
Ključne besede: dendrokronologija, računalniški programi, ARSTAN, dplR, branike, kronologija širine branik
Objavljeno v DiRROS: 12.07.2017; Ogledov: 4478; Prenosov: 1942
Celotno besedilo (352,54 KB) |
