1. |
2. Robust saliva-based RNA extraction-free one-step nucleic acid amplification test for mass SARS-CoV-2 monitoringMojca Benčina, Roman Jerala, Tatjana Lejko-Zupanc, Gabriele Turel, Viktorija Tomič, Mihaela Zidarn, Žiga Jensterle, Katarina Prosenc, Mojca Milavec, Tina Demšar, Polona Kogovšek, Irena Mlinarič-Raščan, Dunja Urbančič, Alenka Šmid, Petra Sušjan, Arne Praznik, Tina Šket, Eva Rajh, 2021 Abstract: Early diagnosis with rapid detection of the virus plays a key role in preventing the spread of infection and in treating patients effectively. In order to address the need for a straightforward detection of SARS-CoV-2 infection and assessment of viral spread, we developed rapid, sensitive, extraction-free one-step reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) and reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) tests for detecting SARS-CoV-2 in saliva. We analyzed over 700 matched pairs of saliva and nasopharyngeal swab (NSB) specimens from asymptomatic and symptomatic individuals. Saliva, as either an oral cavity swab or passive drool, was collected in an RNA stabilization buffer. The stabilized saliva specimens were heat-treated and directly analyzed without RNA extraction. The diagnostic sensitivity of saliva-based RT-qPCR was at least 95% in individuals with subclinical infection and outperformed RT-LAMP, which had at least 70% sensitivity when compared to NSBs analyzed with a clinical RT-qPCR test. The diagnostic sensitivity for passive drool saliva was higher than that of oral cavity swab specimens (95% and 87%, respectively). A rapid, sensitive one-step extraction-free RT-qPCR test for detecting SARS-CoV-2 in passive drool saliva is operationally simple and can be easily implemented using existing testing sites, thus allowing high-throughput, rapid, and repeated testing of large populations. Furthermore, saliva testing is adequate to detect individuals in an asymptomatic screening program and can help improve voluntary screening compliance for those individuals averse to various forms of nasal collections.
Keywords: SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 serological testing, real-time polymerase chain reaction, saliva, oral cavity swab, passive drool, pooling
DiRROS - Published: 09.11.2021; Views: 509; Downloads: 242
 Fulltext (0,00 KB) |
3. Smernice za diagnostiko, zdravljenje in sledenje bolnikov s sarkomi mehkih tkiv in kostiOlga Blatnik, Marko Novak, Monika Jagodic, Tina Žagar, Jože Pižem, Mojca Unk, Lorna Zadravec-Zaletel, Snežana Pavlović Djokić, Jerca Blazina, Blaž Mavčič, Simona Jereb, Darja Eržen, David Martinčič, Mateja Kropivnik, Gregor Kos, Andreja Klevišar Ivančič, Andraž Perhavec, Eva Možina, Marko Špiler, Uroš Smrdel, Marija Skoblar Vidmar, Žiga Snoj, Vladka Salapura, Katja Limpel Novak, Branko Zakotnik, Danijela Štrbac, 2018 Keywords: sarkomi mehkih tkiv, sarkomi kosti, diagnostika, zdravljenje
DiRROS - Published: 06.02.2019; Views: 2330; Downloads: 716
 Fulltext (278,51 KB) |
4. |
5. Preživetje bolnikov z rakom, zbolelih v letih 1991-2005 v SlovenijiMaja Primic-Žakelj, Vesna Zadnik, Tina Žagar, Branko Zakotnik, Franc Anderluh, Nikola Bešić, Peter Černelč, Tanja Čufer, Andrej Debeljak, Ibrahim Edhemović, Janez Eržen, Albert-Peter Fras, Eldar Gadžijev, Marko Hočevar, Janez Jazbec, Barbara Jezeršek Novaković, Andrej Kmetec, Elga Majdič, Uroš Mlakar, Mojca Modic, Irena Oblak, Janja Ocvirk, Mirko Omejc, Stanislav Repše, Boris Sedmak, Uroš Smrdel, Mihael Sok, Primož Strojan, Breda Škrbinc, Alojz Šmid, Marjetka Uršič-Vrščaj, Vaneja Velenik, Samo Zver, Matjaž Zwitter, Janez Žgajnar, Mirjana Žumer-Pregelj, 2009 Keywords: onkologija, zdravstvena statistika
DiRROS - Published: 14.09.2018; Views: 2434; Downloads: 700
Fulltext (8,70 MB) |
6. Vloga Bolnišničnega registra raka Onkološkega inštituta LjubljanaKatarina Lokar, Vesna Zadnik, Maruška Ferjančič, Polona Škulj, Darja Strle, Tina Žagar, 2019 Abstract: Registri raka so ključni pri zbiranju in zagotavljanju podatkov o bremenu raka tako na populacijski kot na regionalni ravni. Bolnišnični registri raka se ukvarjajo z zbiranjem informacij o bolnikih z rakom, ki so obravnavani v določeni bolnišnici. Njihov glavni namen je prispevati h klinični oskrbi bolnikov z vidika učinkovitosti, kakovosti in bolnišničnega upravljanja. Bolnišnični register Onkološkega inštituta Ljubljana je bil osnovan ob ustanovitvi državnega populacijskega registra raka leta 1950 in prispeva v državni register tretjino vseh prijav. Podatki, zbrani v bolnišničnem registru, so dragoceni tudi za strokovno in raziskovalno delo Inštituta. Ena od nalog bolnišničnih registrov raka je priprava letnih poročil za vodstvo in druge uporabnike. Letno na Onkološkem inštitutu Ljubljana sprejmemo več kot 6000 novih onkoloških bolnikov. Število bolnikov se je v obdobju 2008%2016 povečalo za 16 %.
Keywords: register raka, populacijski register raka, bolnišnični register raka, breme raka
DiRROS - Published: 26.06.2019; Views: 1910; Downloads: 564
Fulltext (191,99 KB) |
7. |
8. Mutacije ret proto-onkogena v slovenski populaciji bolnikov z medularnim rakom ščitniceBarbara Perić, Tina Žagar, Damijan Bergant, Sara Milićević, 2020 Abstract: Izhodišča. Medularni rak ščitnice (MRŠ) je redek endokrini tumor, ki se v približno 25 % primerov pojavlja v družinski obliki bolezni v sklopu multiple endokrine neoplazije tipa 2, v 75 % pa je bolezen sporadična. Namen dela je bil oceniti incidenco MRŠ ter pogostost in vrsto RET-mutacij v slovenski populaciji bolnikov med letoma 1995 in 2015.Metode. Retrospektivno smo analizirali podatke Registra raka Republike Slovenije in Registra bolnikov z MRŠ Onkološkega Inštituta v Ljubljani, zbrane med letoma 1995 in 2015. V ključili smo 143 bolnikov s potrjenim MRŠ in 43 njihovih zdravih sorodnikov, ki so bili napoteni na genetsko svetovanje in testira-nje. Genomsko DNK smo izolirali iz levkocitov periferne krvi. Eksone 10, 11, 13, 14, 15 in 16 RET protoonkogena smo pomnožili z verižno reakcijo s polimerazo. Točkovne mutacije RET proto-onkogena smo odkrili z metodo SSCA in DNA-sekvenciranjem. Zaznane mutacije so bile potrjene z restrikcijskimi encimi.Rezultati. Zarodno mutacijo RET protoonkogena smo odkrili pri 51 osebah; med njimi je bilo 37 bolnikov z MRŠ, kar predsta-vlja 25,9 % vseh bolnikov z MRŠ. Odkrili smo osem različnih mutacij RET protoonkogena. Najpogosteje smo potrdili mutacijo v kodonih 634 in 618, sledili so kodoni 790, 804 in 918. Povprečna groba letna incidenčna stopnja MRŠ v Sloveniji za opazovano obdobje znaša 0,34/100.000 prebivalcev.Zaključek. Ocenjena povprečna groba letna incidenčna stopnja MRŠ v Sloveniji je bila 0,34/100.000. Poleg tega smo ugotovili, da se RET-mutacija pojavlja v naši populaciji bolnikov v 25,9 % ter da najpogosteje prizadene kodona 634 in 618.
Keywords: medularni karcinom ščitnice, multipla endokrina neoplazija 2, genetsko svetovanje, incidenca
DiRROS - Published: 09.09.2020; Views: 1158; Downloads: 377
Fulltext (152,80 KB) |
9. |
10. |
