1. Dve desetletji delovanja Oddelka za molekularno diagnostiko na Onkološkem inštitutu LjubljanaPetra Škerl, Srdjan Novaković, Vida Stegel, 2025, professional article Abstract: Oddelek za molekularno diagnostiko je bil na Onkološkem inštitutu Ljubljana ustanovljen leta 2005 na pobudo znan. svet., dr. Srdjana Novakovića. V 20-letnem obdobju je Oddelek za molekularno diagnostiko postal osrednji laboratorij v Sloveniji tako za genetsko testiranje posameznikov z večjo ogroženostjo za dedne oblike raka kakor tudi za molekularno-genetsko te-stiranje različnih vrst solidnih tumorjev, kjer je informacija o genotipu tumorja pomembna pri načrtovanju zdravljenja, pomoč pri diagnozi ali prognozi bolezni. Posebno področje dela oddelka predstavljajo farmakogenetske preiskave, s katerimi ocenimo napoved presnavljanja zdravil ter opredelimo bolnike z večjim tveganjem za hude neželene učinke. Oddelek za molekularno diagnostiko se lahko po zahtevnosti in kakovosti svojih preiskav primerja z mednarodno priznanimi centri na področju molekular-ne diagnostike. To potrjuje z obsežnim naborom preiskav, ki sledijo priporočilom mednarodnih strokovnih smernic za obravnavo onkoloških bolnikov, ter z rednim sodelovanjem in uspešno opra-vljenimi zunanjimi kontrolami kakovosti. Slovenskim onkološkim bolnikom je s tem omogočen dostop do celovitih molekularno--genetskih preiskav znotraj države, brez potrebe po napotitvah v tujino. Pomemben mejnik predstavlja tudi dogovor z Zavodom za zdravstveno zavarovanje Slovenije o financiranju teh storitev, kar bolnikom zagotavlja dostopno in visokokakovostno diagnostiko ter bolniku prilagojeno zdravljenje s tarčnimi zdravili v skladu z najso-dobnejšimi mednarodnimi smernicami in brez dodatnih stroškov za bolnike. Na molekularno-genetsko testiranje na Oddelek za molekularno diagnostiko lahko svoje bolnike napotujejo zdravniki iz različnih zdravstvenih ustanov iz celotne Slovenije.
Keywords: molekularna diagnostika, onkološka diagnostika, molekularna testiranja
Published in DiRROS: 21.01.2026; Views: 147; Downloads: 51
 Full text (3,81 MB) |
2. Povzetek poročila državnega Registra testiranih oseb iz družin, obremenjenih z dednim rakomSimona Hotujec, Ana Blatnik, Vida Stegel, Mateja Krajc, 2025, review article Abstract: Izhodišče: Za lažje odkrivanje posameznikov z visoko ogrože-nostjo za razvoj raka ter učinkovitejše izvajanje genetskega testi-ranja in spremljanja nosilcev zarodnih genetskih okvar je bila leta 2019 ustanovljena državna baza podatkov, Register testiranih oseb iz družin, obremenjenih z dednim rakom, katerega upravlja-vec je Onkološki inštitut Ljubljana, njegov sedež pa je na Oddelku za onkološko klinično genetiko. Register vključuje podatke o osebah, ki so bile testirane za zarodne patogene različice/verjetno patogene različice (PR/VPR) v genih, ki so povezani z dedno predispozicijo za razvoj tumorjev. V članku predstavljamo povzetek poročila državnega Registra testiranih oseb iz družin, obremenjenih z dednim rakom, za obdobje 2000–2023.
Metode: V analizi smo uporabili deskriptivno statistično analizo, pri čemer smo prešteli število opravljenih genetskih testiranj (preiskav) in število testiranih oseb. V poročilu smo prikazali število odkritih zarodnih PR/VPR v genih, ki so povezani z dedno predispozicijo za razvoj tumorjev. Podatke smo prikazali za vsako leto, za obdobje od leta 2000 do leta 2023.Rezultati: V zbirki podatkov registra je bilo v obdobju od leta 2000 do leta 2023 registriranih 12.904 testiranih posameznikov iz 8.781 družin. Pri 3.334 posameznikih iz 1.828 družin smo odkrili vsaj eno zarodno PR/VPR v genu, ki je povezan z dedno predispozicijo za razvoj tumorjev. Pozitiven izvid genetskega testiranja je tako imela dobra četrtina vseh testiranih ali 26 %, velika večina na področju dednega raka dojk in/ali jajčnikov.
Zaključek: Zbiranje podatkov testiranih oseb iz družin, obremenjenih z dednim rakom, in letna analiza v obliki poročil nam omogočata celovito spremljanje epidemioloških trendov, predvsem incidence in prevalence nosilcev dednih predispozicij za razvoj tumorjev, ter lažje načrtovanje zdravstvene oskrbe teh posameznikov na državni ravni.
Keywords: genetsko testiranje, dednost, ogroženost za raka
Published in DiRROS: 21.01.2026; Views: 131; Downloads: 38
Full text (2,73 MB) |
3. Analiza obravnav na Oddelku za onkološko klinično genetiko po posamezni lokaciji raka in pomen genetskih izvidov pri načrtovanju zdravljenjaNina Zavrl, Simona Hotujec, Srdjan Novaković, Vida Stegel, Mateja Krajc, 2024, original scientific article Abstract: Izhodišče: Na Onkološkem inštitutu Ljubljana (OIL) obravnavamo bolnike z rakom, pri katerih je izvid genetskega testiranja pomemben za načrtovanje zdravljenja in če obstaja velika verjetnost, da je pri njih prisoten dedni sindrom za raka. Namen raziskave je bil analizirati trend obravnav pri bolnikih z rakom in oceniti stopnjo odkrivanja nosilcev zarodnih genetskih okvar. Prav tako smo analizirali stopnjo odkrivanja zarodnih patogenih različic/verjetno patogenih različic (PR/VPR) glede na družinsko anamnezo. Metode: S pomočjo programa MS Excel in deskriptivnih statističnih metod smo na Oddelku za onkološko klinično genetiko, OIL, analizirali podatke o številu napotitev, družinski anamnezi in genetskih rezultatih po štirih lokacijah raka (dojk, jajčnikov, prostate in trebušne slinavke) za obdobje od 1. 1. 2020 do 30. 6. 2024. Rezultati: V 4,5 leta je bilo na genetsko svetovanje poslanih 4.252 bolnikov, največ z rakom dojk (3.074). V povprečju je od diagnoze do testiranja za zarodne PR/VPR minilo 4,3 leta. Med vsemi testiranimi smo pri 16,5 % odkrili zarodno PR/VPR. Največja stopnja odkrivanja zarodnih PR/VPR je bila pri testiranih bolnicah z rakom jajčnikov (25,2 %), sledijo bolniki z rakom trebušne slinavke (16,2 %) in dojk (16,2 %) ter bolniki z rakom prostate (11,1 %). Najpogosteje so bile najdene zarodne PR/VPR v genih BRCA1/2. Delež bolnikov s pozitivnim genetskim izvidom med vsemi, ki so imeli pozitivno družinsko anamnezo je bil 19,5 %, med bolniki z negativno družinsko anamnezo pa 12,4 %. Zaključek: Analiza potrjuje pomen genetskega testiranja zarodnih PR/VPR pri bolnikih z rakom. Pri 16,5 % bolnikov je bil rezultat testiranja lahko uporabljen za načrtovanje zdravljenja in preventive za njihove svojce. Menimo, da bi bilo smiselno razmisliti o uvedbi univerzalnega genetskega testiranja za bolnike z določenimi diagnozami raka in kaskadnega testiranja svojcev v varnem kliničnem okolju.
Keywords: zaviralci PARP, genetsko testiranje, patogene različice
Published in DiRROS: 21.05.2025; Views: 569; Downloads: 211
Full text (329,29 KB) |
4. |
5. The prevalence of occult ovarian cancer in the series of 155 consequently operated high risk asymptomatic patients : Slovenian population based studyAndreja Gornjec, Sebastjan Merlo, Srdjan Novaković, Vida Stegel, Barbara Gazić, Andraž Perhavec, Ana Blatnik, Mateja Krajc, 2020, original scientific article Abstract: We assessed the prevalence, localization, type and outcome of occult cancer at risk-reducing salpingo-oophorectomy or salpingectomy (RRSO) in asymptomatic carriers of pathogenic or likely pathogenic BRCA1/2 variants and high-risk BRCA1/2 negative women. Patients and methods. A retrospective analysis of all consecutive gynaecologic preventive surgeries from January 2009 to December 2015 was performed. Participants underwent genetic counselling and BRCA1/2 testing before the procedure. Data on clinical parameters, adjuvant treatment and follow-up were collected and analysed. Results. One hundred and fifty-five RRSO were performed in 110 BRCA1, 35 BRCA2 carriers of pathogenic or likely pathogenic variants and 10 high-risk BRCA1/2 negative women, at the mean age of 48.3 years. Nine occult cancers (9/155, 5.8%) were identified; eight in BRCA1 positive women and one in high-risk BRCA1/2 negative woman. We identified four non-invasive serous intraepithelial tubal carcinomas (3 in BRCA1 carriers and 1 in a high-risk BRCA1/2 negative woman) and five invasive tubo-ovarian high grade serous cancers (all detected in BRCA1 carriers). Only one out of nine patients (11.1%) with occult cancer had a slightly elevated CA-125 value preoperatively. Conclusions. A 5.8% prevalence of occult invasive and noninvasive tubo-ovarian serous cancer after RRSO was found in high risk asymptomatic and screen negative women. We conclude that RRSO should be performed in BRCA1/2 carriers and in high-risk BRCA1/2 negative women. Age of preventive gynaecologic surgery should be carefully planned, taking into account the completion of childbearing age and type of mutation. The results favour the tubal hypothesis of tubal origin of high grade serous ovarian and peritoneal cancer. Cytology result of peritoneal cavity washing was important for the decision making process in determining treatment. Cytology examination should be performed in all cases of RRSO. CA-125 assay did not prove to be an effective screening tool for early cancer detection in our patients.
Keywords: risk-reducing salpingo-oophorectomy, occult serous cancer, serous tubal intraepithelial cancer, BRCA1/2 pathogenic or likely pathogenic variant
Published in DiRROS: 12.07.2024; Views: 945; Downloads: 370
Full text (525,37 KB) |
6. Genetic counselling, BRCA1/2 status and clinico-pathologic characteristics of patients with ovarian cancer before 50 years of ageMirjam Cvelbar, Marko Hočevar, Srdjan Novaković, Vida Stegel, Andraž Perhavec, Mateja Krajc, 2017, original scientific article Abstract: In Slovenia like in other countries, till recently, personal history of epithelial ovarian cancer (EOC) has not been included among indications for genetic counselling. Recent studies reported up to 17% rate of germinal BRCA1/2 mutation (gBRCA1/2m) within the age group under 50 years at diagnosis. The original aim of this study was to invite to the genetic counselling still living patients with EOC under 45 years, to offer gBRCA1/2m testing and to perform analysis of gBRCA1/2m rate and of clinico-pathologic characteristics. Later, we added also the data of previously genetically tested patients with EOC aged 45 to 49 years. Patients and methods. All clinical data have to be interpreted in the light of many changes happened in the field of EOC just in the last few years: new hystology stage classification (FIGO), new hystology types and differentiation grades classification, new therapeutic possibilities (PARP inhibitors available, also in Slovenia) and new guidelines for genetic counselling of EOC patients (National Comprehensive Cancer Network, NCCN), together with next-generation sequencing possibilities. Results. Compliance rate at the invitation was 43.1%. In the group of 27 invited or previously tested patients with EOC diagnosed before the age of 45 years, five gBRCA1/2 mutations were found. The gBRCA1/2m detection rate within the group was 18.5%. There were 4 gBRCA1 and 1 gBRCA2 mutations detected. In the extended group of 42 tested patients with EOC diagnosed before the age of 50 years, 14 gBRCA1/2 mutations were found. The gBRCA1/2m detection rate within this extended, partially selected group was 33.3%. There were 11 gBRCA1 and 3 gBRCA2 mutations detected. Conclusions. The rate of gBRCA1/2 mutation in tested unselected EOC patients under the age of 50 years was higher than 10%, namely 18.5%. Considering also a direct therapeuthic benefit of PARP inhibitors for BRCA positive patients, there is a double reason to offer genetic testing to all EOC patients younger than 50 years. Regarding clinical data, it is important to perform their re-interpretation in everyday clinical practice, because this may influence therapeutic possibilities to be offered.
Keywords: ovarian cancer, BRCA 1/2, genetic counseling
Published in DiRROS: 24.05.2024; Views: 1385; Downloads: 518
Full text (513,68 KB) |
7. Genotyping of BRCA1, BRCA2, p53, CDKN2A, MLH1 and MSH2 genes in a male patient with secondary breast cancerAna Lina Vodušek, Srdjan Novaković, Vida Stegel, Berta Jereb, 2011, original scientific article Published in DiRROS: 18.03.2024; Views: 1065; Downloads: 325
Full text (538,94 KB) |
8. Rapid detection of most frequent Slovenian germ-line mutations in BRCA1 gene using real-time PCR and melting curve analysisSrdjan Novaković, Vida Stegel, 2005, original scientific article Abstract: Background. Detection of inherited mutations in cancer susceptibility genes isof great importance in some types of cancers including the colorectal cancer(mutations of APC gene in familial adenomatous polyposis -FAP, mutationsin mismatch repair genes in hereditary nonpolyposis colorectal cancer- HNPCC), malignant melanoma (mutations in CDKN2A and CDK4 genes) and breast cancer (mutations in BRCA1 and BRCA2 genes). Methods. This article presents the technical data for the detection of five mutations in BRCA1 gene in breast cancer patients and their relatives. The mutations - 1806C>T, 300T>G, 300T>A, 310G>A, 5382insC -were determined by the real-time PCR and themelting curve analysis. Results and conclusion. In comparison to direct sequencing, this method proved to be sensitive and rapid enough for the routine daily determination of mutations in DNA isolated from the peripheral blood.
Published in DiRROS: 14.02.2024; Views: 1167; Downloads: 302
Full text (254,79 KB) |
9. |
10. Molekularno genetsko testiranje pri raku telesa materniceVida Stegel, Srdjan Novaković, 2023, published scientific conference contribution Abstract: V grobem tumorje telesa maternice delimo na endometrijske epitelne, mezenhimske, mešane epitelne in mezenhimske in druge. Karcinom endometrija, ki sodi med epitelne tumorje, predstavlja večino (80-90 %) vseh malignih bolezni telesa maternice. Sarkomi predstavljajo 2- 5 % vseh malignih bolezni telesa maternice. Molekularno genetske preiskave se pri obravnavi tumorjev telesa maternice uporabljajo za namen odkrivanja različic/markerjev pomembnih za diagnozo, prognozo ali zdravljenje bolezni. Pato-histološka klasifikacija karcinoma endometrija je v preteklosti temeljila predvsem na morfoloških značilnostih tumorja, v zadnjem času pa se je izoblikovala histološko-molekularna klasifikacija, ki upošteva tudi molekularne značilnosti tumorja. Upoštevajoč molekularno klasifikacijo TCGA (The Cancer Genome Atlas), pri karcinomih endometrija ločimo med POLE-ultramutirani tumorji, mikrosatelitno nestabilnimi tumorji, tumorji s številnimi spremembami v številu kopij genov in tumorji z maloštevilnimi spremembami v številu kopij genov. Molekularne podskupine karcinoma endometrija so tudi neodvisen prognostični dejavnik. Določene molekulano genetske lastnosti vplivajo tudi na izbiro zdravljenja.
Keywords: rak maternice, ginekološki raki, molekularna diagnostika
Published in DiRROS: 30.05.2023; Views: 1340; Downloads: 580
Full text (230,93 KB)
This document has many files! More... |
