20.500.12556/DiRROS-27860 Optimization of DNA isolation from hop cones and pellets for microsatellite analysis Optimizacija izolacije DNA iz storžkov in peletov hmelja za analizo mikrosatelitov Reliable identification of hop (Humulus lupulus L.) cultivars is important for quality control and authentication in the brewing industry. DNA-based methods provide a powerful tool for this purpose, but isolation of high-quality DNA from processed hop materials such as cones and pellets can be challenging due to the presence of PCR inhibitors, including polyphenols, polysaccharides, and bitter acids. In this study we compared four cetyltrimethylammonium bromide (CTAB)-based DNA extraction protocols for hop cones and pellets, with the aim of improving yield and purity of DNA used for microsatellite genotyping. The tested methods included the standard CTAB protocol, CTAB supplemented with polyvinylpyrrolidone (PVP40), CTAB with PVP40 and activated charcoal, and CTAB with PVP10 and liquid nitrogen grinding. Additionally, a hexane pre-treatment step was evaluated with the aim to reduce the amount of PCR inhibitory compounds. DNA quality was assessed using NanoVue, Qubit, and agarose gel electrophoresis. Agarose gels showed intact high-molecular-weight DNA with minor RNA traces. Microsatellite genotyping confirmed consistent allele profiles across the first three extraction methods, thus confirming the suitability of CTAB-based methods for reliable hop genotyping. Možnost zanesljivega določanja sorte hmelja (Humulus lupulus L.) je pomembna za zagotavljanje kakovosti in avtentičnosti v pivovarski industriji. Metode, ki temeljijo na analizi DNA, so za ta namen učinkovito orodje, vendar je izolacija visokokakovostne DNA iz procesiranih oblik hmelja, kot so storžki in peleti, zahtevna zaradi prisotnosti inhibitorjev PCR, med katerimi so polifenoli, polisaharidi ter alfa in beta kisline. V tej raziskavi smo primerjali štiri protokole za izolacijo DNA na osnovi CTAB iz hmeljnih storžkov in peletov. Naš namen je bil izboljšati koncentracijo in čistost DNA, ki jo uporabimo za genotipizacijo hmelja z mikrosateliti. Preizkušene metode so bile: standardni CTAB protokol, CTAB z dodatkom polivinilpirolidona (PVP40), CTAB z dodatkom PVP40 in aktivnega oglja ter CTAB z dodatkom PVP10 in s predhodno homogenizacijo v tekočem dušiku. Poleg tega smo preizkusili tudi predobdelavo s heksanom, katere namen je bil v izolirani DNA zmanjšati količine spojin, ki zavirajo PCR. Kakovost izolirane DNA smo določali z instrumentoma NanoVue in Qubit ter z agarozno gelsko elektroforezo s katero smo pokazali prisotnost nepoškodovane DNA visoke molekulske mase z manjšimi sledovi RNA. Genotipizacija z mikrosateliti je pokazala skladne alelne vzorce pri prvih treh metodah izolacije, kar potrjuje primernost CTAB-protokolov za zanesljivo genotipizacijo hmelja, tako iz storžkov, kot iz peletov. hop Humulus lupulus DNA extraction CTAB genotyping hmelj Humulus lupulus izolacija DNA CTAB genotipizacija true false true Angleški jezik Slovenski jezik Inštitut za hmeljarstvo in pivovarstvo Slovenije Neznano 2026-02-26 12:01:49 2026-02-26 12:01:49 2026-03-07 03:51:38 0000-00-00 00:00:00 2025 0 0 Nasl. z nasl. zaslona; Opis vira z dne 19. 12. 2025; str. 4-14 Št 32 2025 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 2025-12-19 582.630.2 2536-1988 262319619 https://www.dlib.si/details/URN:NBN:SI:spr-OS4I5CDJ 1 8d5b3fe5-1302-11f1-9cb0-001a4af901a5 https://dirros.openscience.si/Dokument.php?lang=slv&id=40995 Optimization_of_DNA_isolation_from_hop_cones_and_pellets_for_microsatellite_analysis.pdf Optimization_of_DNA_isolation_from_hop_cones_and_pellets_for_microsatellite_analysis.pdf 1 12E84752C369BE972738363F946D5E49 b7b018d6c1008faf441008acef88c250f0199bcece0958258bd27ca6c4e43973 3fb02091-1948-11f1-81cd-001a4af901a5 https://dirros.openscience.si/Dokument.php?lang=slv&id=41359 Inštitut za hmeljarstvo in pivovarstvo Slovenije Hmeljarski bilten 0 0 0