Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije

Izpis gradiva
A+ | A- | SLO | ENG

Naslov:PCR primers comparisons for a successful Tuber spp. DNA region amplification in routine identifications
Avtorji:Unuk, Tina (Avtor)
Kraigher, Hojka (Avtor)
Grebenc, Tine (Avtor)
Jezik:Angleški jezik
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:Logo SciVie - Gozdarski inštitut Slovenije
Povzetek:Since late 20th century DNA sequencing became the method of choice method in precision species identification. The ITS region is one of the official fungal barcoding DNA markers, although in some cases sequencing of the ITS re-gion may, due to misidentification, mislabeling or nomen-clature errors in public databases, lead to incorrect or insuf-ficient identification, as is currently a case in the genus Tu b e r. The aim of this study was to test, which ITS primer pairs are most appropriate and optimal for Tu b e r species DNA region amplification. Thereby we (1) compared ampli-fication success for different Tu b e r species using fungal spe-cific primer pair ITS1f and ITS4 and (2) compared amplifi-cation success using different ITS primer pair combinations in amplifying DNA region an example species Tuber aesti-vum. Based on results, Tuber aestivum was one of the most reluctant Tu b e r species in this study and in most cases failed to amplify with the above primer pair. After comparing dif-ferent ITS primer pairs, we conclude that the primer pair ITS5 and ITS7 is the most appropriate primer pair for ampli-fication DNA region of T. ae stiv um as it resulted in high am-plification success from ectomycorrhizal root tips. Based on sequences, gained from public databases, we found that ITS1f and ITS6 primers have a mismatch in one base pair compared to the target sequence of Tuber aestivum, thus re-sulting in poor or no amplification success. Although prim-er pair ITS5 and ITS7 in our study was proven to be the most appropriate primer pair in amplifying DNA region Tu b e r aestivum species, further analysis about appropriateness of it for a general barcoding and identification of ectomycorrhiza in complex community samples is needed.
Ključne besede:Tuber spp., ITS region, PCR amplification, ITS primers
Leto izida:2020
UDK:630*17
ISSN pri članku:1855-7996
OceCobissID:248490496 Povezava se odpre v novem oknu
COBISS_ID:21646339 Povezava se odpre v novem oknu
DOI:10.3986/fbg0076 Povezava se odpre v novem oknu
Število ogledov:35
Število prenosov:29
Datoteke:URL URL - Predstavitvena datoteka, za dostop obiščite https://doi.org/10.3986/fbg0076
.pdf PDF - Predstavitvena datoteka, prenos (6,81 MB)
URL URL - Predstavitvena datoteka, za dostop obiščite https://ojs.sazu.si/folia_bio_geo/article/view/7983
 
Nadgradivo:Folia biologica et geologica
Slovenska akademija znanosti in umetnosti
 
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
:
  
Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.


Gradivo je financirano iz projekta

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS)
Program financ.:Shema mladega raziskovalca
Številka projekta:
Naslov:

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS)
Številka projekta:L2-0766
Naslov:Daljinski hladilni sistem

Financer:EC - European Commission
Program financ.:Life
Številka projekta:Life ENV/SI/000148
Naslov:LIFEGENMON
Akronim:LIFEGENMON

Licence

Licenca:CC BY 3.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 3.0
Povezava:https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/deed.sl
Opis:Dovoljuje kopiranje in razširjanje vsebin v kakršnemkoli mediju in obliki. Dovoljuje remixanje, urejanje, predelava in vključevanje vsebine v lastna dela v vse namene, tudi komercialne. Primerno morate navesti avtorja, povezavo do licence in označiti spremembe, če so kakšne nastale. To lahko storite na kakršenkoli razumen način, vendar ne na način, ki bi namigoval na to, da dajalec licence podpira vas ali vašo uporabo dela. Ne smete uporabiti pravnih določil ali tehničnih ukrepov, ki bi pravno omejili ali onemogočilo druge, da bi storili karkoli, kar licenca dovoli.
Začetek licenciranja:30.07.2020

Sekundarni jezik

Jezik:Slovenski jezik
Naslov:Primerjava PCR začetnih oligonukleotidov za uspešno pomnoževanje DNA regije Tuber spp. pri rutinski identi-fikaciji
Povzetek:Od konca 20. stoletja je določanje nukleotidnega zaporedja DNA postalo ena izmed pogosteje uporabljenih metod za določanje vrst. ITS regija je edina izmed uradnih glivnih DNA markerjev, čeprav lahko določanje nukleotidnega zaporedja le-te, v nekaterih primerih, predvsem zaradi napačne določitve, označevanja oziroma napak v nomenklaturi v javnih bazah podatkov, privede do napačne oziroma nenatančne določitve vrst, kar je trenutno težava pri določitvi vrst iz rodu Tuber. Namen te študije je bil testirati kateri pari ITS začetnih oligonukleotidov so najbolj primerni in optimalni za pomnoževanje DNA regij gliv iz rodu Tuber. S tem namenom smo v študiji (1) primerjali uspešnost pomnoževanja DNA regije različnih vrst iz rodu Tuber, z uporabo glivno specifičnih začetnih oligonukleotidov ITS1f in ITS4 ter hkrati (2) primerjali uspešnost pomnoževanja DNA regije vrste Tuber aestivum z uporabo različnih ITS začetnih oligonukleotidov. Na podlagi rezultatov ugotavljamo, da je vrsta T. aestivum izmed vseh analiziranih gliv iz rodu Tuber, bila najtežavnejša vrsta v naši študiji, saj je v večini primerov pomnoževanje DNA regije te vrste z uporabo glivno specifičnih začetnih oligonukleotidov ITS1f in ITS4 bilo neuspešno. Po primerjavi uspešnosti pomnoževanja z različnimi ITS začetnimi oligonukelotidi ugotavljamo, da sta bila v naši študiji ITS začetna oligonukleotida ITS5 in ITS7 najprimernejša za pomnoževanje DNA regije vrste T. aestiv um, saj je bila uspešnost pomnoževanja iz ektomikoriznih vršičkov v tem primeru največja. Na podlagi T. aestivum nukleotidnih zaporedij pridobljenih iz javnih podatkovnih baz ugotavljamo, da je za začetna oligonukleotida ITS1f in ITS6 značilno neujemanje s tarčnim nukleotidnim zaporedjem (T. aestivum) v enem baznem paru, kar se lahko odraža bodisi v slabšem pomnoževalnem uspehu ali v nepomnoževanju na splošno. Kljub temu, da v naši študiji ugotavljamo, da sta začetna oligonukleotida ITS5 in ITS7 najprimernejša za pomnoževanje DNA regije glive T. aestivum, so potrebne nadaljnje analize, s katerimi bi potrdili splošno primernost omenjenega para ITS5/ITS7 za pomnoževanje DNA regije ne samo vrst iz rodu Tuber, temveč za določanje ektomikoriznih glivnih združb na splošno.
Ključne besede:Tuber spp., ITS regija, PCR pomnoževanje, ITS začetni oligonukleotidi, ektomikorizne glive, glivne združbe


Nazaj